Chromatin

Chromatin, composed of DNA and proteins, is crucial for gene regulation and proper cellular function. We explored how specific interacting sites, called "stickers", affect chromatin dynamics. We modeled chromatin as polymer chains in a cell nucleus and used molecular dynamics (MD) to integrate the Langevin equations and to simulate the evolution of the system in time. Starting with two separated, densely packed polymers, we observed how increasing the sticker interaction strength  $\epsilon_{sp}$  led to a transition from open chains to clustered micellar gels. We found that most interactions occurred between nearby beads along the polymer contour, and that increasing $\epsilon_{sp}$ gave rise to larger and longer-lived clusters. Additionally, the dynamics of polymer configurations slowed significantly with stronger interactions and the transition from the initial state of segregated polymers to significant interpenetration between the polymers took place on increasingly longer time scales. These findings suggest that strong sticker interactions can preserve the segregated state of chromatin, highlighting their potential role in maintaining chromosome organization and stability within the cell nucleus.